ക്ഷേത്രത്തിന്റെ കാലപ്പഴക്കം നിമിത്തം അതിന്റെ ഉല്പത്തിയെക്കുറിച്ചു കൃത്യമായ രേഖകൾ ലഭ്യമല്ല തലമുറകൾ കൈമാറിവന്ന അറിവുകൾ ആണ് ക്ഷേത്ര ഉല്പത്തിയെക്കുറിച്ചുള്ള ചിത്രം പ്രദാനം ചെയ്യുന്നത്. അത് പ്രകാരം ഇന്ന് മാരായമുട്ടം എന്നറിയപ്പെടുന്ന പ്രദേശത്തെ പ്രമുഖ നായർ തറവാടായ 'കുഴിതാലം കോട്' വീട്ടിൽ പരമ ഭക്തൻ ആയിരുന്ന ഒരു കാരണവർ ഉണ്ടായിരുന്നു. ഒരുദിനം, നെയ്യാറിന്റെ കൈവഴിയായ ഈ പ്രദേശത്തുകൂടി ഒഴുകുന്ന ചിറ്റാറിൽ പതിവുപോലെ കുളിക്കാൻ ഇറങ്ങിയ കാരണവർക്ക് നദിയിലൂടെ ഒഴുകിയെത്തിയ രണ്ടു 'കാളിയടയ്ക്കകൾ' (കലിപ്പാക്കുകൾ) ലഭിക്കുകയും അതുമായി തന്റെ വീട്ടിൽ എത്തിയ കാരണവർ തന്റെ പടിപ്പുര തട്ടിൽ അവ വച്ചശേഷം പതിവ് ദേവി ഉപാസനയും, അത്താഴവും കഴിഞ്ഞു താമ്പൂലത്തിനായി തട്ടിൽ വച്ചിരുന്ന പാക്കുകൾ എടുത്ത് മുറിക്കുകയും ചെയ്തു ഉടനെ രണ്ടിൽ നിന്നും നിലയ്ക്കാത്ത രക്തപ്രവാഹം ഉണ്ടാകുകയും അത് കണ്ട് കാരണവർ ഭയപ്പെട്ടു പോകുകയും ചെയ്തു. കൂടാതെ അന്ന് രാത്രിയിൽ ശാന്തസ്വരൂപിണിയായ ശ്രീ നീലകേശി ദേവിയും, ഉഗ്രരൂപിണിയായ ശ്രീഭദ്രകാളിദേവിയും കാരണവർക്ക് സ്വപ്നദർശനം നൽകുകയും, തങ്ങൾ കളിപ്പാക്കുകളുടെ രൂപത്തിൽ സാന്നിധ്യം അറിയിച്ചതാണെന്നും തങ്ങൾക്ക് ഉചിതമായ വിഗ്രഹം നിർമിച്ചു ആവാഹിച്ച്‌ കുടിയിരുത്തി ബലിപൂജകൾ നൽകണമെന്ന് കൽപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു.
ഈ രണ്ടു സംഭവങ്ങളാലും ചിന്താകുലനായിത്തീർന്ന കാരണവർ അക്കാലത്തെ പ്രസിദ്ധ ജ്യോതിഷിയെ വരുത്തിച്ചു, തൊട്ടടുത്ത ദിവസം തന്നെ 'തിരുവഴിപ്പുരഴ്ചം' (തിരുവാഴിപ്രശ്‌നം), വയ്പ്പിക്കുകയും അതിൽ സ്വപ്നദർശനം ലഭിച്ച പോലെ ശ്രീ നീലകേശി ദേവിയുടെയും ശ്രീ ഭദ്രകാളി ദേവിയുടെയും നിറസാന്നിധ്യം തെളിയുകയും ചെയ്തു. തുടർന്ന് ദേവീ ഇങ്കിതം മനസ്സിലാക്കി 'ദാരുമയായി' ദർശ്ശനവും വരങ്ങളും അരുളുന്നതിനായി വിധിപ്രകാരം, തന്റെ തറവാട്ട് മുറ്റത്ത് നിന്നിരുന്ന ലക്ഷണം തികഞ്ഞ വരിക്കപ്ലാവിൽ നിന്ന് രണ്ടു വിഗ്രഹങ്ങൾ (തിരുമുടികൾ) കടഞ്ഞെടുപ്പിച്ച്‌ ദേവീചൈതന്യം ആവാഹിച്ച്‌ തറവാടുവക ഭൂമിയിൽ ഘോരവനമായിരുന്ന പ്രദേശത്തെ ക്ഷേത്രം പണികഴിപ്പിച്ച്‌ കുടിയിരുത്തുകയും, ബലിപൂജകൾ അർപ്പിക്കുകയും പൂജാവിധികൾ ചിട്ടപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തു.
ഒറ്റ വരിക്കപ്ലാവിൽ നിന്നും കടഞ്ഞെടുത്ത രണ്ടു വിഗ്രഹങ്ങളുടെയും അത്ര രൂപഭംഗിയുള്ള തിരുമുടികൾ മറ്റൊരു ക്ഷേത്രത്തിലും കാണാൻ സാധിക്കുന്നതല്ല. അപൂർവ്വങ്ങളിൽ അത്യപൂർവ്വമായ നാഗകെട്ടുകളോട് കൂടിയതാണ് രണ്ടു ദേവീവിഗ്രഹങ്ങളും. ഓരോ നാഗങ്ങളെയും പ്രത്യേകം നിർമിച്ച്‌ കോർത്ത് എടുത്തിരിക്കുന്ന നിർമ്മാണ വൈദഗ്ധ്യം ഇന്നും അതിശയിപ്പിക്കുന്നതാണ്. കൂടാതെ അതിസൂക്ഷ്മമായ നിരവധി കൊത്തുപണികളും വിഗ്രഹത്തിൽ കാണാൻ സാധിക്കും. കാരണവർക്ക് ദർശ്ശനം നൽകിയ അതേ രൂപത്തിൽ തന്നെയാണ് വിഗ്രഹങ്ങൾ പണികഴിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നതും. ഒറ്റ ശ്രീകോവിലിനുള്ളിൽ ശാന്തസ്വരൂപിണിയായ ശ്രീ നീലകേശി ദേവിയെ കിഴക്ക് ദർശ്ശനമായും, ദിവ്യായുധവും ദാരികശിരസും ധരിച്ച്‌ ഉഗ്രരൂപിണിയായ ശ്രീ ഭദ്രകാളി ദേവിയെ വടക്ക് ദർശ്ശനമായും പ്രതിഷ്ഠിച്ചിരിക്കുന്നു. ഇങ്ങനെ ഒറ്റ ശ്രീ കോവിലിൽ രണ്ടു ഭാവങ്ങളിൽ രണ്ടു വിഗ്രഹങ്ങൾ രണ്ടു ദർശ്ശനത്തിൽ പ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയിട്ടുള്ള ക്ഷേത്രങ്ങൾ അത്യപൂർവ്വമാണ്. ഒരുപക്ഷേ ഉണ്ടാകില്ല എന്ന തന്നെ പറയാം. കാവിന് മദ്ധ്യേ സ്ഥിതി ചെയ്യുന്ന ക്ഷേത്രത്തിൽ കന്നിമൂല സ്ഥാനത്ത്‌ ഗണപതിയും, കൂടാതെ കരിമ്പന ചുവട്ടിൽ മാടൻ തമ്പുരാനും, നാഗകുടുംബവും ഉപദേവന്മാരായുണ്ട്.
തിരുവിതാംകൂർ രാജകുടുംബവുമായി അഭേദ്യമായ ബന്ധമാണ് ക്ഷേത്രത്തിനുള്ളത്. മാർത്താണ്ഡവർമ്മ എട്ട് വീട്ടിൽ പിള്ളമാരിൽ നിന്ന് രക്ഷപ്പെട്ട് പദ്മനാഭപുരം കൊട്ടാരത്തിൽ നിന്ന് പാലായനം ചെയ്ത് പോരുന്ന സമയം വഴിമുട്ടിപ്പോയ ഈ സ്ഥലത്ത് വച്ച് രണ്ട് തേജോമയികളായ രണ്ട് വൃദ്ധകൾ അദ്ദേഹത്തെ തുണച്ചു എന്നും, തൊട്ടടുത്തുള്ള ഒരു കുടിലിലേയ്ക്ക് ആനയിച്ച്‌ അഭയം നൽകി എന്നും വിശ്വസിച്ചു പോരുന്നു. മാർത്താണ്ഡവർമ്മ രാജാധികാരം ഏറ്റെടുത്ത ശേഷം ഈ ക്ഷേത്രത്തിലേക്ക് പ്രത്യേക പൂജകൾ നേർച്ചയായി നൽകിയിരുന്നു എന്നും ഈ അടുത്തകാലം വരെ അത് തുടർന്നിരുന്നുവെന്നും പഴമക്കാർ സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തുന്നു. കുഴിതാലം കോട് കുടുംബ വക ആയിരുന്ന ക്ഷേത്രം കാലക്രമത്തിൽ വികസിക്കുകയും ഈ പ്രദേശത്തെ മറ്റു കുടുംബങ്ങളുടെയും കലകളുടെയും സഹകരണത്തോടെ പൂജ ഉത്സവാദികൾ നടത്തിവരികയും ചെയ്തുപോന്നു. തുടർന്ന് 1979-ൽ പെരുങ്കടവിള സബ് രജിസ്ട്രാർ ഓഫീസിൽ 17-ആം നമ്പർ ഉടമ്പടി പ്രകാരം ക്ഷേത്രം ട്രസ്റ്റ് ആയി രജിസ്റ്റർ ചെയ്യുകയും ചെയ്തു. നിലവിൽ വലിയപറമ്പ്, ചുള്ളിയൂർ, മാരായമുട്ടം എന്നീ കരകളിൽ നിന്ന് തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെടുന്ന നാല് പേര് ചേർന്ന പന്ത്രണ്ടു പേരും, കുഴിതാലംകോട്, ആരക്കളത്തുവിള, മാത്തക്കുഴി, എന്നീ കുടുംബങ്ങളിൽ നിന്നുള്ള മൂന്നു സ്ഥിരാന്ഗങ്ങളും ചേർന്ന പതിനഞ്ചൻഗം ട്രസ്റ്റ് ബോർഡാണ് ഭരണം നടത്തി വരുന്നത്. ഒരു ട്രസ്റ്റ് ബോർഡിൻറെ കാലാവധി മൂന്നു വർഷമാണ്. ഭക്തജനങ്ങളുടെ നിസീമമായ സഹായ സഹകരണങ്ങൾ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ വളർച്ചയ്ക്ക് കാരണമായിട്ടുണ്ട്.