എല്ലാ വർഷവും കുംഭമാസത്തിലാണ് തിരുഉത്സവം നടത്തിവരുന്നത്. പത്ത് ദിവസങ്ങളിലായി നടത്തപ്പെടുന്ന ഉത്സവത്തിന്റെ ഒൻപതാം ഉത്സവനാൾ കുത്തിയോട്ടം, താലപ്പൊലി, ഉരുൾനേർച്ച എന്നിവയും പത്താം നാൾ ഗുരുസിയും നടത്തിവരുന്നു. ഈ ഉത്സവ നാളുകളിൽ ഇറക്കിപൂജ, പീഠപൂജ എന്നിവയും നടത്തപ്പെടുന്നു. ക്ഷേത്രത്തിലെ ഏറ്റവും പ്രധാന ഉത്സവം ആറ് വർഷത്തിൽ ഒരിക്കൽ നടത്തിവരുന്ന പറണേറ്റ് മഹോത്സവമാണ്. ഇത് കുംഭം-മീനം മാസങ്ങളിൽ (ഇരട്ട മാസങ്ങളിൽ) ആയിരിയ്ക്കണം എന്ന ചിട്ടയുണ്ട്. ക്ഷേത്രത്തിന് സമീപത്തുള്ള വിശാലമായ നെൽപ്പാടത്തിലാണ് ഈ മഹോത്സവം നടത്തിവരുന്നത്. ഉത്സവത്തിനായി പുറത്തെഴുന്നള്ളുന്ന ദേവി 'ഉച്ചബലി' കഴിഞ്ഞ് തിരുവായുധം നാട്ടി വയലിൽ സ്ഥാനം കണ്ട് അവിടെ പരമ്പരാഗത രീതിയിൽ താൽക്കാലിക ക്ഷേത്രം കണക്കിൻ പ്രകാരം നിർമ്മിക്കുന്നു. അതിൽ കുടിയിരുത്തിയാണ് ചടങ്ങുകൾ നടത്തുന്നത്. പന്ത്രണ്ട് ഉത്സവ ദിനങ്ങളാണ് പറണേറ്റിനുള്ളത്. ഈ ദിനങ്ങളിൽ മാത്രമേ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ മൂലസ്ഥാനമായ കുഴിത്താലംകോട് തെക്കത് തുറന്ന് തിരു ആയുധമായ പള്ളിവാൾ (ഉടവാൾ) എഴുന്നള്ളിയ്ക്കുകയുള്ളു. പതിനൊന്നാം ഉത്സവ ദിനത്തിൽ അന്ന് കെട്ടിയ പറണിൽ പ്രത്യേക മുഹൂർത്തത്തിൽ ശ്രീ ഭദ്രകാളി ദേവിയുടെ തിരുവിഗ്രഹം എഴുന്നള്ളിച്ച് പൂജാദികളും തോറ്റവും നടത്തുന്നു. പറണേറ്റ് 21 കോൽ 16 അംഗുലം ഉയരം ഉണ്ടാകും. നാല് തെങ്ങുകൾ നാട്ടി അതിനുമുകളിൽ പുളിച്ചി മാവിൻ പലക നിരത്തിയാണ് പറണ നിർമ്മിക്കുന്നത്. പന്ത്രണ്ടാം ഉത്സവദിനത്തിൽ നിലത്തിൽപ്പോര് നടത്തി തിന്മയുടെ പ്രതീകമായ ദാരിക നിഗ്രഹം പ്രതീകാത്മകമായി നടത്തി തർപ്പണവും ആറാട്ടും കഴിഞ്ഞ് ദേവി ശ്രീലകത്തേയ്ക്ക് എഴുന്നള്ളുന്നു. ഉത്സവാനന്തരം ഏഴുദിവസത്തെ നല്ലിരിപ്പിനു ശേഷം നട തുറന്ന് പൂജകൾക്ക് ശേഷം 'കാവിൽകൊട' എന്ന ചടങ്ങ്‌ നടക്കുന്നു. അതിനായി ദേവിയുടെ തൃക്കാവിനുള്ളിൽ പ്രത്യേക സ്ഥാനത്ത്‌ ചെറുപറണ്യം കുരുത്തോല തട്ടും സ്ഥാപിച്ച് പൂജകൾ അർപ്പിക്കുന്നു. തനത് കാവിനുള്ളിൽ ഇങ്ങനെ ഒരു ചടങ്ങ്‌ നടക്കുന്ന മറ്റൊരു ക്ഷേത്രവും ഇല്ല എന്ന് തന്നെ പറയാം.
ദേവീവിഗ്രഹങ്ങളെ ആദ്യമായി ക്ഷേത്രം പണിത് കുടിയിരുത്തിയത് പണ്ട് വനമായിരുന്ന പ്രദേശത്തിന് നടുവിലായിട്ടാണ്. അതിന്റെ ശേഷിപ്പായി, ക്ഷേത്രത്തിന് ചുറ്റിലുമായി വലിയകാവ്‌ ഇന്നും സംരക്ഷിച്ചുപോരുന്നു. കേന്ദ്രസര്ക്കാറിന്റെ ഊർജ്ജിത ജൈവവൈവിധ്യമേഖലയിൽ ഉൾപ്പെട്ട കേരളത്തിലെ തന്നെ അപൂർവ്വം കാവുകളിൽ ഒന്നാണ് മാരായമുട്ടം ശ്രീ നീലകേശി ക്ഷേത്രത്തിലെ കാവ്. കേരള വനം വകുപ്പിന്റെ നിർദ്ദേശപ്രകാരം പുതിയ വൃക്ഷത്തൈകൾ കാവിനുള്ളിൽ വച്ച് പിടിപ്പിച്ചിട്ടുണ്ട്. ഉത്സവാനന്തരം കാവിനുള്ളിൽ നടത്തുന്ന കാവിൽകൊട, പ്രകൃതി ആരാധനയ്ക്ക് പൂർവ്വികർ എത്ര മാത്രം പ്രാധാന്യം നൽകിയിരുന്നു എന്നതിന് ഉദാഹരണമാണ്. വലിയ കാവ് ആയതിനാൽ തന്നെ എല്ലാ മാസവും ആയില്യം നാളിലെ ആയില്യ പൂജയ്ക്ക് ക്ഷേത്രത്തിൽ വലിയ പ്രാധാന്യം ഉണ്ട്. അമ്മയുടെ തിരുനടയിൽ ഉപദേവാന്മാരായി കാവലാളായി വാഴുന്ന നാഗകുടുംബത്തിന് ആയില്യ പൂജ നൽകിയാൽ സന്താന സൗഭാഗ്യം, സർവ്വവിധ ഐശ്വര്യം, കേതു അപഹാരമുക്തി, അറിഞ്ഞോ അറിയാതെയോ വ്യക്തിപരമായോ, കുടുംബപരമായോ വന്നുചേർന്ന സർപ്പശാപ ശമനം എന്നിവ ഉണ്ടാകുമെന്ന് അനുഭവസ്ഥർ പറയുന്നു. നാൾക്കുനാൾ ആയില്യ പൂജ വർധിച്ചുവരുന്നു. ആയില്യം നാളിൽ നേർച്ചയായി അന്നദാനവും നടത്തിവരുന്നു.
നവരാത്രി നാളിൽ മാരായമുട്ടത്തമ്മയെ വ്യത്യസ്ത അലങ്കാരങ്ങളോടെ ഒൻപത് ദിവസവും അണിയിച്ചൊരുക്കി ഒൻപത് വ്യത്യസ്ത നിവേദ്യങ്ങൾ അർപ്പിച്ച്‌ വ്യത്യസ്ത അർച്ചനകളോടെ പൂജകൾ നടത്തി പ്രസാദിപ്പിക്കുന്നു. ഇത് കണ്ട് തൊഴുന്നതിനായി അനേകം ഭക്തജനങ്ങൾ എത്തിച്ചേർന്നു. ദുർഗ്ഗാഷ്ടമിദിനത്തിൽ പുസ്തകപൂജയും മഹാനവമി ദിനത്തിൽ തിരുവായുധങ്ങൾ വച്ച് ആയുധപൂജയും നടത്തുന്നു. വിജയദശമി ദിനത്തിൽ സർവ്വവിദ്യാ സ്വരൂപിണിയായ മാരായമുട്ടത്തമ്മയുടെ തിരുനടയിൽ ആദ്യാക്ഷരം കുറിയ്ക്കാൻ എത്തുന്ന കുരുന്നുകളുടെ എണ്ണവും ഓരോ വർഷവും വർധിച്ചുവരുന്നു. പൊൻ നാരായം കൊണ്ട് നാവിലും, ദേവീകൃപയാൽ മനസ്സിലും ആദ്യാക്ഷരം കുറിച്ച്‌ പുതു തലമുറകൾ അനുഗ്രഹം നേടി പോകുന്നു. നവരാത്രിയോടനുബന്ധിച്ച്‌ ഒൻപത് ദിവസം പൂജിച്ച സാരസ്വതഖ്യതം വിജയ ദശമി നാളിൽ വിദ്യാർഥികൾക്ക് നൽകി വരുന്നു.
പൗർണമി തിഥിയിൽ പതിവ് പൂജകൾക്ക് ശേഷം ശ്രീലകം വൃത്തിയാക്കി ദേവീ വിഗ്രഹത്തിൽ വെളുത്ത വസ്ത്രങ്ങളാലും പുഷ്പങ്ങളാലും അലങ്കാരം നടത്തിയ ശേഷം രാത്രി പൗർണ്ണമി നിൽക്കുന്ന സമയം, പൗർണ്ണമി പൂജ നടത്തുന്നു. ചുറ്റുവിളക്കിന്റെയും മേളത്തിന്റെയും അകമ്പടിയോടെ നടത്തുന്ന വിശേഷാൽ പൂജയ്ക്ക് വെളുത്ത പുഷ്പങ്ങൾ മാത്രമേ ഉപയോഗിക്കുകയുള്ളൂ. ക്ഷേത്ര ഉൽപ്പത്തിക്കാലം മുതൽ നടന്നുവരുന്ന പൗർണ്ണമിപൂജയിൽ നാൾക്കുനാൾ ഭക്തജന പങ്കാളിത്തം ഏറിവരുന്നു. നെടുമാംഗല്യം, മാംഗല്യസിദ്ധി, ഇഷ്ടവരപ്രാപ്തി, ചന്ദ്രാപഹാരമുക്തി എന്നിവയ്ക്കായി വരദായിനിയായ മാരായമുട്ടത്തമ്മയ്ക്ക് വിശേഷാൽ പൗർണ്ണമിപൂജ നേർച്ചയായി നടത്തിവരുന്നു. പ്രാർഥനാസാഫല്യം ലഭിച്ചവർ പൗർണമി പൂജയ്ക്കായി മുൻകൂട്ടി രജിസ്റ്റർ ചെയ്തു വരുന്നു.
പൂജ, നിവേദ്യം, അർച്ചനകൾ എന്നിവയ്ക്ക്പുറമേ ചൊവ്വാദോഷപരിഹാരത്തിനായി നാരങ്ങാവിളക്കും, കുഞ്ഞുങ്ങൾക്കുള്ള എല്ലാ നേർച്ചകളും നടത്തി വരുന്നു. നൂൽജപ മുതലായവയും പട്ടു ആട ചാർത്തലും ഒക്കെ നേർച്ചയായി നടത്തിവരുന്നു. ചുറ്റുവിളക്ക് തെളിയിക്കുന്നതും പ്രധാന നേർച്ചയാണ്. ഉത്സവത്തോടനുബന്ധിച്ചു ഇറക്കിപൂജ, പീഠപൂജ എന്നിവയും, കുത്തിയോട്ടം, താലപ്പൊലി, ഉരുൾ എന്നിവയും നടത്തി വരുന്നു. അന്നപൂർണേശ്വരിയായ ദേവിയുടെ ഇഷ്ട വഴിപാടുകളിലൊന്നാണ് അന്നദാനം. വെടിവഴിപാടും പ്രധാന നേർച്ചയായി നടത്തിവരുന്നു. ഗണപതിക്ക് മുഴുക്കപ്പും നഗർക്കു നൂറും പാലും പ്രധാനമായി നടത്തിവരുന്നു.
സാധാരണ ദിവസങ്ങളിൽ രണ്ട് നേരവും (രാവിലെയും, വൈകുന്നേരവും) പൂജയും നിവേദ്യവും, ചൊവ്വ വെള്ളി ദിവസങ്ങളിൽ ഉച്ചപൂജ ഉൾപ്പെടെ മൂന്ന് നേരവും പൂജയും നിവേദ്യവുമുണ്ട്. ചിങ്ങമാസത്തിലെ ഭരണി നാളിലാണ് ക്ഷേത്രത്തിൽ ലക്ഷാർച്ചന, വിനായകചതുർത്ഥിയും ഇവിടെ ആഘോഷിക്കുന്നു. ഒന്നാം ഓണനാളിലെ കോടിചാർത്തിപൂജയും പ്രധാനമാണ്. നവരാത്രിപൂജ വിജയദശമി വിദ്യാരംഭം എന്നിവയും നടന്നുവരുന്നു. തുലാം മുപ്പത്തിനാണ് ക്ഷേത്രത്തിൽ കലശാഭിഷേകം, വൃശ്ചികം ഒന്ന് മുതൽ 41 ദിവസവും ചിറപ്പ് പൂജ നടക്കുന്നു. 41 -ആം ദിവസം പൊങ്കാലയും പെരും പൂജയും എഴുന്നള്ളത്തും നടത്തുന്നു. തൃക്കാർത്തിക ക്ഷേത്രത്തിൽ ഏറെ പ്രാധാന്യം ഉള്ള ദിവസമാണ്. അന്ന് ശ്രീലകത്ത് തെളിയുന്ന കാർത്തിക ദീപപ്രഭയിൽ ദേവീതിരുമുഖം കണ്ട് തൊഴാൻ അനേകം ഭക്തജനങ്ങൾ എത്തിച്ചേരുന്നു. കർക്കിടക മാസത്തിലാണ് ഇവിടെ നിറപുത്തരി. ഇന്നും വിത്ത് ഇടിച്ചൊരുക്കി വറയാക്കി നിവേദ്യം സമർപ്പിക്കുന്ന അപൂർവ്വം ക്ഷേത്രങ്ങളിൽ ഒന്നാണ് മാരായമുട്ടം ശ്രീ നീലകേശി ക്ഷേത്രം. ആയതിനാൽ നിറപുത്തരിക്ക് പ്രത്യേക പ്രാധാന്യം ഉണ്ട്. കർക്കിടക പുണ്യമാസത്തിൽ അഹോരാത്ര രാമായണ പാരായണവും നടന്നുവരുന്നു.
ക്ഷേത്ര ട്രസ്റ്റ് ബോർഡിൻറെ മേൽനോട്ടത്തിൽ ഉത്സവത്തോട് അനുബന്ധിച്ച് എല്ലാ വർഷവും വലിയപറമ്പ്, ചുള്ളിയൂർ മാരായമുട്ടം പ്രാദേശിക ഉത്സവ സമിതികളുടെ ഭദ്രകിരണം, മംഗല്യതീർത്ഥം, ദേവീകടാക്ഷം എന്നീ പേരുകളിൽ സേവാപ്രവർത്തനങ്ങൾ നടത്തിവരുന്നു. ആയതിൽ നിർദ്ധനരായ രോഗികൾക്കുള്ള സാമ്പത്തിക സഹായം, നിർദ്ധനരായ പെൺകുട്ടികളുടെ വിവാഹ ആവശ്യത്തിലേയ്ക്ക് മണ്ഡപം സൗജന്യമായി നൽകുന്ന പദ്ധതി, നിർദ്ധനരായ പെൺകുട്ടികളുടെ വിവാഹ ധന സഹായം എന്നിവ ഉൾപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു.
മാരായമുട്ടം ശ്രീ നീലകേശി ക്ഷേത്ര ട്രസ്റ്റ് ബോർഡിൻറെ മേൽനോട്ടത്തിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്ന ശ്രീ നീലകേശി ആഡിറ്റോറിയം അത്യാധുനിക സൗകര്യങ്ങളോടെ കൂടിയ സ്ഥാപനമാണ്. വളരെ കുറഞ്ഞ നിരക്കിൽ വിവാഹാദി ആവശ്യങ്ങളിലേയ്ക്ക് ആഡിറ്റോറിയം നൽകിവരുന്നു. വിശാലമായ പാർക്കിംഗ് സൗകര്യവും, ആകർഷണീയമായ പ്രകൃതിസൗന്ദര്യം ഇതിന്റെ മാറ്റ് കൂട്ടുന്നു.